Ο Αλή Πασάς σκοτώθηκε την 5η Φεβρουαρίου 1822. Από το άψυχο κορμί του έκοψαν το κεφάλι του  για να το στείλουν στον Σουλτάνο στην Κωνσταντινούπολη.

Η κεφαλή του έφτασε στην Μεγάλη Πύλη στις 23 Φεβρουαρίου 1822, εκτέθηκε στο σεράϊ  και τελικά θάφτηκε στην Πόλη, στο νεκροταφείο που βρίσκονταν έξω από τα τείχη, κοντά στην Πύλη της Σηλυβρίας, στον ίδιο τάφο με τις κεφαλές των γιων Μουχτάρ, Βελή και Σαλήχ και του εγγονού του Μεχμέτ.

Το σώμα του Αλή θάφτηκε κοντά στο σεράϊ του, στην ακρόπολη του Ιτς Καλέ. Το οστά του βρίσκονται μέχρι σήμερα εκεί και αξίζει να αναφερθεί ότι, κατά την διάρκεια των ανασκαφών που πραγματοποιήθηκε στην δεκαετία του 1970 διαπιστώθηκε ότι στον ίδιο τάφο ήταν θαμένο και ένα μικρό παιδί, αγνώστου ταυτότητας.