Βάση
Λιώνουμε την κουβερτούρα μαζί με το βούτυρο σε μπεν μαρί. Χτυπάμε τα αυγά μαζί με τη ζάχαρη στο μίξερ (με το σύρμα) έως ότου αφρατέψουν πολύ καλά και ασπρίσουν. Προσθέτουμε τη λιωμένη σοκολάτα και ανακατεύουμε με μια κουτάλα. Προσθέτουμε σιγά-σιγά και το αλεύρι (κοσκινισμένο) μαζί με τα ξύσματα.

Βουτυρώνουμε και αλευρώνουμε ένα ταψί διαμέτρου 20-22 εκ. περίπου, αδειάζουμε μέσα το μείγμα και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180°C για 20 λεπτά. Το κέικ πρέπει να βγει μαλακό. Αφήνουμε να κρυώσει πολύ καλά, ξεφορμάρουμε και το κόβουμε σε χοντρούς κύβους.

Γέμιση
Βάζουμε την κρέμα γάλακτος μαζί με το γάλα σε μια κατσαρόλα και προσθέτουμε τους σπόρους από το εσωτερικό της βανίλιας, μαζί με το κλωναράκι της. Βάζουμε στη φωτιά μέχρι να ζεσταθεί καλά το μείγμα.
Στο μεταξύ ανακατεύουμε τα αυγά μαζί με τη ζάχαρη πολύ καλά και προσθέτουμε σιγά-σιγά και το ζεστό μείγμα του γάλακτος. Ομοιογενοποιούμε πολύ καλά. Αφαιρούμε το κλωναράκι βανίλιας.

Συναρμολόγηση
Βουτυρώνουμε και ζαχαρώνουμε μία ψηλή φόρμα πουτίγκας ή σαρλότ, χωρητικότητας 2 λίτρων. Τη γεμίζουμε με τους κύβους της βάσης. Από πάνω αδειάζουμε το υγρό της γέμισης. Σκεπάζουμε τη φόρμα με αλουμινόχαρτο, την τοποθετούμε μέσα σε ένα ταψί και ρίχνουμε στο ταψί νερό μέχρι τη μέση. Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 170°C-180°C για 2 ώρες τουλάχιστον ανάλογα με το ύψος της φόρμας. Δοκιμάζουμε τρυπώντας στο κέντρο μ’ ένα μαχαίρι και αν βγει στεγνό, βγάζουμε την πουτίγκα από το φούρνο, αφήνουμε να κρυώσει και αναποδογυρίζουμε σε μία πιατέλα.