Η διαφορά μεταξύ του ελέγχου ταυτότητας δύο παραγόντων, 2FA, και του ελέγχου ταυτότητας πολλών παραγόντων, MFA, είναι ότι ο 2FA ή ο έλεγχος ταυτότητας δύο παραγόντων περιλαμβάνει δύο σειρές βημάτων για την ταυτοποίηση ενός χρήστη. Επιπλέον, ο 2FA χρησιμοποιεί κωδικούς πρόσβασης μίας χρήσης που είναι ευαίσθητοι στον χρόνο για να αποτρέψει την κλοπή ταυτότητας. Από την άλλη, MFA, ή τον έλεγχο ταυτότητας πολλών παραγόντων, περιλαμβάνει δύο ή περισσότερα βήματα ή διεργασίες για τον προσδιορισμό ενός χρήστη.
Συνήθως, οι επιχειρήσεις με υψηλό επίπεδο ασφάλειας (π.χ. εγκαταστάσεις υγειονομικής περίθαλψης, κυβερνητικές υπηρεσίες ή χρηματοπιστωτικές υπηρεσίες) επιλέγουν τον έλεγχο ταυτότητας πολλαπλών παραγόντων έναντι του ελέγχου ταυτότητας δύο παραγόντων. Ο έλεγχος ταυτότητας δύο παραγόντων συμβάλλει στην προσθήκη ενός επιπέδου ασφάλειας σε όλους τους ηλεκτρονικούς προσωπικούς και επιχειρηματικούς λογαριασμούς σας.