Στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία πολλές άλλες πόλεις φιλοξενούσαν μητροπόλεις και επισκοπές.
H μετακίνηση του πληθυσμού από τη βυζαντινή Σπάρτη, προς το ασφαλέστερο κάστρο του Μυζηθρά ή Μυστρά, μετά το 1262, ίδρυσε την πόλη του Μυστρά.Το 1289, η ανάπτυξη της πόλης έχει ως αποτέλεσμα τη μεταφορά της έδρας της κεφαλής της , του διοικητή δηλαδή των βυζαντινών κτήσεων της Πελοποννήσου, από τη Μονεμβάσια στον Μυστρά καθώς και του μητροπολίτη Λακεδαιμονίας.
Λόγω της απόστασης από την Κωνσταντινούπολη έγινε αλλαγή του διοικητικού συστήματος στην περιοχή. Το 1348 απέκτησε δεσπότη, τον Μανουήλ Καντακουζηνό, και μετατράπηκε σε ημιαυτόνομη ηγεμονία το Δεσποτάτο του Μυστρά. Δεσπότης διορίζεται ο αμέσως επόμενος του διαδόχου του θρόνου της Βασιλεύουσας. Το Δεσποτάτο κυβερνούν διαδοχικά μέλη δύο αυτοκρατορικών οικογενειών: των Καντακουζηνών και των Παλαιολόγων. Ο Δεσπότης μεταφέρει στο Μυστρά και προσαρμόζει το διοικητικό μοντέλο που εφαρμόζεται και στη Κωνσταντινούπολη, με ίδιους τίτλους και ιεραρχική τάξη, ίδιο τυπικό και επίσημη ενδυματολογία
Το τέλος του Δεσποτάτου
Το 1449 ο Κωνσταντίνος Παλαιολόγος έφυγε για την Κωνσταντινούπολη και στη θέση του έμεινε ο αδελφός του Δημήτριος, ο οποίος είχε διαμάχη με τον αδελφό του Θωμά. Ο σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ έκανε επιδρομές, καθώς ήθελε να εμποδίσει αυτούς τους δύο από το να στείλουν βοήθεια στην αποκλεισμένη Κωνσταντινούπολη. Η κόντρα όμως μεταξύ των δύο αδελφών και μία μεγάλη τουρκική επιδρομή οδήγησε σε εξέγερση Ελλήνων και Αλβανών υπό τον Μανουήλ Κατακουζηνό, η οποία έληξε άδοξα με την επέμβαση του Τουρχάν Μπέη.
Μετά την Άλωση της Πόλης και ενώ τα δύο αδέλφια συνέχιζαν να συγκρούονται μεταξύ τους, οι Τούρκοι κατέλαβαν την Πάτρα το 1458 και ο Δημήτριος παρέδωσε αμαχητί τον Μυστρά στον Μωάμεθ θέτοντας τέλος στο Δεσποτάτο στις 30 Μαΐου 1460. Στη συνέχεια , έγινε πρωτεύουσα του σαντζακιού της Πελοποννήσου. Μόνο τα άγρια εδάφη της χερσονήσου της Μάνης και η πόλη της Μονεμβασίας διατήρησαν την ελευθερία τους. Οι κάτοικοι της τελευταίας θα παραχωρήσουν την πόλη τους αρχικά στον πάπα Πίο Β΄ και στη συνέχεια στους Βενετούς (1464).
