Οι θηριωδίες και τα εγκλήματα των Νεότουρκων και των Κεμαλικών σε βάροςτων χιλιάδων Ελλήνων της Μ. Ασίας και του Πόντου, είχαν ήδη αρχίσει από το 1915, δεν άργησε
όμως να φτάσουν και στην οικογένεια του αγίου Γέροντος Ιακώβου Τσαλίκη στο Λιβίσι.
Αρχές καλοκαιριού του 1921 έπιασαν τον παππού και νονό του Γέροντα, τον Γιώργη Κρεμμυδά, άνθρωπο πραγματικά του Θεού, τον θείο του, τον γιατρό Χατζηδουλή, καθώς και άλλους συγγενείς του. Ο παππούς του Γιώργης ήταν ντελικάτος και οι ζαπτιέδες τον είχαν βάλει στο μάτι, πέρναγαν από δίπλα του και στα καλά καθούμενα τον χτυπούσαν χωρίς έλεος. Αν κι ήταν καταπληγωμένος όποιον αιχμάλωτο έβλεπε απελπισμένο, τον πλεύριζε και τού ’δινε κουράγιο, μ’ ένα χαμόγελο, μιά κουβέντα, μέχρι στιχάκια έφτιαχνε και τους τα 'λεγε να ξεχνάνε τον πόνο τους. Όλοι οι κρατούμενοι τον αγαπούσαν. Λέγανε μάλιστα, πως ήταν τόσο καλός, τόσο ευλαβής και πιστός, που ο Θεός του' χε δώσει θαυμαστά χαρίσματα. Μιά φορά, εκεί που δούλευε στα τούρκικα χωριά χωρίς εκκλησία, την ημέρα της Πεντηκοστής που γονατίζουμε στον εσπερινό, καθώς έκανε την προσευχή του, είδε να γονατίζουνε και τα δένδρα. Όπως γονάτιζαν τα δένδρα στο όρος των Ελαιών όταν προσεύχονταν η Παναγία. Τους περπάταγαν από τις περιοχές των Μούγλων, Αιδινίου, Βουρδούρ, Σπάρτης, τους περάσανε κάτω από το Ικόνιο, μεσ' από το Ερεγλί και κοντά στη Νίγδη ξεψύχησε απ' τα βασανιστήρια των Τούρκων.
Σε λίγες μέρες ήρθε και το ιδιόχειρο σημείωμα του ανεψιού της κυρα-Δέσποινας, γιαγιάς του Γέροντα Ιακώβου, του Χατζηδουλή. Αν και ήταν γιατρός δεν μπορούσε να βοηθήσει τον θείο του, μόνο μπόρεσε και πήρε απ’τις τσέπες του σκοτωμένου πέντε λίρες. Έδωσε τις δύο σε κάποιους τούρκους χωρικούς για να τον θάψουνε και την ρωτούσε τι να κάνει τις υπόλοιπες. Η κυρα-Δέσποινα με άνθρωπο που πήγαινε προς τα κει του παράγγειλε να τις κρατήσει. Χάθηκε όμως κι ο θείος του Γέροντα.
Στις αρχές του 1922, οι Τούρκοι, με εντολή του Μουσταφά Κεμάλ, έκαναν έφοδο στο χωριό, το Λιβίσι, και συνέλαβαν τους άντρες μαζί και τον πατέρα του Γέροντα Ιακώβου, Σταύρο Τσαλίκη, τον οποίο οδήγησαν προς τον Καύκασο. Κατά τις φοβερές οδοιπορίες, ατέλειωτες κακουχίες, και οδυνηρές αναγκαστικές εργασίες, σε νταμάρια και αλλού, τους βάλανε και σε ορυχεία. Μιά μέρα, ενώ δούλευε ο κυρ-Σταύρος, ακούει στην στοά τρείς χτύπους. Του φάνηκαν σημαδιακοί και βγήκε έξω κι ευθύς η στοά γκρεμίστηκε. Τον φύλαξε ο άγιος Χαράλαμπος, που είχε το εικονάκι του κρεμασμένο στο λαιμό. Κοιμόντουσαν, όπως έλεγε ο κυρ-Σταύρος στον Γέροντα αργότερα, σε κάτι καλύβες. Για να ζεσταθούνε σκάβανε στο χιόνι ένα και δύο μέτρα, να βρούνε κανένα ξύλο να ανάψουν φωτιά. Κάποια μέρα βρήκε στο χιόνι ένα κατάλληλο κούτσουρο, το σκάλισε κι έφτιαξε ένα μπαγλαμαδάκι. Βρήκε και χορδές κι έτσι άρχισε να παίζει τα βράδυα και ξεχνούσαν τα βάσανά τους και τη θλίψη τους.
Απέναντι απ΄τις καλύβες ήταν το σπίτι του αξιωματικού, άκουσαν τη μουσική οι οικογένειά του και ζήτησαν απ’τον αξιωματικό να χουν κι αυτοί μουσική. Κι έτσι ο κυρ- Σταύρος δεν δούλευε πιά στο ορυχείο, έπαιζε τα απογεύματα τούρκικους σκοπούς στο σπίτι του αξιωματικού.
Αυτό δεν κράτησε πολύ, ζητάγανε τεχνίτες κι ο κυρ-Σταύρος δήλωσε χτίστης. Τελικά τον πήγαν και τον έβαλαν να χτίζει νοσοκομείο στην Τραπεζούντα, με αμοιβή.
«Θρήνος και κλαυθμός και οδυρμός πολύς…».
Στο μεταξύ στα παράλια, στη δυτική Μικρασία, ο ελληνικός στρατός υποχωρούσε και οι Τούρκοι τσέτες και στρατός, έδιωχναν τους εναπομείναντες Έλληνες, βιάζοντας, σκοτώνοντας, καταπατώντας και αρπάζοντας το βιός τους.
Το Σεπτέμβρη του 1922 οι Τούρκοι κάλεσαν τις γυναίκες (και) του Λιβισίου να ετοιμαστούν να φύγουν δήθεν για λίγες μέρες. Τους επέτρεψαν να πάρουν από ένα δεματάκι η καθεμία με λίγα πράγματα, μόνο τα απολύτως απαραίτητα. Τους άνδρες από δώδεκα μέχρι εξήντα πέντε χρόνων ήδη τους οδήγησαν στα βάθη της Τουρκίας για εξόντωσει.
Η γιαγιά Δέσποινα είπε στις κόρες της τι θα πάρει η κάθε μια και που θα κρύψουν τα χρυσαφικά τους. Έπειτα οι κόρες της θα πήγαιναν τα προικιά τους στο πίσω μέρος του Ταξιάρχη, όπως κάνανε όλες οι κοπέλλες του χωριού. Σε κείνον εμπιστευότανε ότι είχαν. Πήρε κι η ίδια τον μικρό Ιάκωβο αγκαλιά και πήγε να ανάψει το τελευταίο κερί στον Ταξιάρχη. Μόλις μπήκε είδε τον τούρκο μουτίρι να κάθεται πάνω στην Αγία Τράπεζα και να κόβει τον καπνό του πάνω στο άγιο Ευαγγέλιο. Καθώς πλησίασε η κυρα-Δέσποινα της λέει εκδικητικά,
-"Εδώ καθότανε ο Χριστός σας, τώρα κάθομαι εγώ!", και συνέχισε να κόβει το καπνό του.
Έφυγε καταπικραμμενη, του' πε όμως μια κατάρα στα τούρκικα. Φεύγοντας φιλήσανε το εικονοστάσι και την πόρτα. Πήρε το σκυλάκι τους, τον Τσακούρα, και τούδειξε στο κάτω υπόγειο, όπου είχε αφήσει 12 κοφινούδες σύκα, νάχει να τρώει.
Η μάνα του Γέροντα η κυρά-Δωρούλα (Θεοδώρα) έφτιαξε το δεματάκι της με λίγα τρόφιμα, λιαστά σύκα από την συκιά τους, σουσάμι, στις τσέπες στραγάλια και λίγο ρακή για φάρμακο, και μερικά άλλα αναγκαία πράγματα, πήρε την Αναστασία, που ήταν μόλις σαράντα ημερών, το Γιώργο τεσσάρων ετών, τον Ιάκωβο δύο ετών, τα "απομεινάρια του χάρου" όπως συνήθιζε να τα λέει, και μαζί με τη γιαγιά Δέσποινα, κι τους άλλους συγγενείς και τους χωριανούς, μαζεύτηκαν στην κάτω Παναγιά κι από κει κατευθύνθηκαν προς την καινούργια προκυμαία της Μάκρης, στο Κορδόνι. Εκεί αφού το βράδυ κοιμήθηκαν στην ύπαιθρο, το πρωί τους λεηλάτησαν οι Τούρκοι. Τους βάλανε στη σειρά και τους τα βγάζανε όλα και δεν τους άφησαν τίποτα. Οι γυναίκες διαμαρτύρονταν που θα πήγαιναν χωρίς χρήματα; Κι εκείνοι τους έλεγαν, "Εδώ τ’ αποχτήσατε, εδώ θα τ’ αφήσετε".
Την Τρίτη μέρα φάνηκε ένα αμερικάνικο φορτηγό πλοίο με δέρματα κι επιβιβάστηκαν σ’ αυτό. Ζήτησαν οι γυναίκες να χτυπήσουν οι σειρήνες πένθιμα, κι άρχισε θρήνος και σπαραγμός. Ξεριζωμένοι από την αγιοτόκο Μ. Ασία, κουβαλούσαν στην ψυχή τους όλη την αγία παράδοση της Ορθοδοξίας και την μικρασιάτικη ευλάβεια. Είπανε οι ξένοι να τους πάνε στην Γαλλία, αλλά οι λιβισιανές θέλανε στην Ελλάδα. Τους έπιασε θαλασσοταραχή και πέταξαν τα δέρματα κι έτσι σώθηκαν οι άνθρωποι. Έφτασαν στον Πειραιά.
«Ήμουν ενάμισι χρονών παιδάκι», αφηγείτο ο Γέροντας, «μ’ έκρυψε η μάννα μου στην ποδιά της. Με σκέπασε να μην με σφάξουν οι Τούρκοι. Φύγαμε με σφαγή και με πολλή δυσκολία. Και είχε πάρει η μητέρα μου ένα σακκουλάκι με μια οκά σησάμι και λίγο ρακί, λέει "Να δίνω τα παιδιά μου λίγο σησαμάκι στο στόμα τους". Τι (άλλο) να πάρει; Γιατί (προηγουμένως) έγινε εξορία, πέθαναν οι παππούδες μας στην Άγκυρα και ήταν αγιασμένα μέρη. Και μαζί με τη γιαγιά και τις θείες μου μπήκαμε στο πλοίο για την Ελλάδα, ενώ ο πατέρας μου έμεινε αιχμάλωτος στους Τούρκους. Όταν κατεβήκαμε στο λιμάνι του Πειραιά, παρόλη τη νηπιακή μου ηλικία, θυμάμαι ότι ακούσαμε για πρώτη φορά στη ζωή μας κάποιον να βλαστημάει τα Θεία. Τότε η γιαγιά μου είπε: "Που ήρθαμε εδώ; Καλύτερα να γυρίσουμε πίσω να μας σκοτώσουν οι Τούρκοι παρά να ακούμε τέτοια λόγια". Στη Μικρασία δεν ξέραμε τέτοια αμαρτία».
... Στο Λιβίσι υπήρχαν δύο σχολεία. Η εκπαίδευση των αγοριών και των κοριτσιών ήταν ξεχωριστή. Το κάτω σχολείο, το Παρθεναγωγείο που βρισκόταν σ’ ένα ύψωμα στο νέο υδραγωγείο Τέραμπι. Και το Άρεναγωγείο, το άνω σχολείο των αγοριών, στην κορυφή του Κάστρου βορειοδυτικά της Άνω Εκκλησιάς του Ταξιάρχη. Ήταν δημοτικά σχολεία πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης και όλα τα μαθήματα διδάσκονταν στην ελληνική γλώσσα. Υπήρχαν επίσης 2 βρύσες, και 2 ανεμόμυλοι.
Αφού το χωριό εγκαταλείφθηκε από τους Έλληνες, δέν ξανακατοικήθηκε ποτέ. Σύμφωνα με τη λαική παράδοση, οι Τούρκοι αρνήθηκαν να εγκατασταθούν στο Λιβίσι, γιατί είχε στοιχειωθεί από τα πνεύματα των Ελλήνων που σφαγιάστηκαν. Άλλοι λένε ότι οι Λιβισιανοί καταράστηκαν τον τόπο και οι Τούρκοι από φόβο δεν ήρθαν ποτέ. Μέχρι και σήμερα παραμένει ερειπωμένο και είναι υπό την προστασία της UNESCO. Το 1957 ένας σεισμός κατέστρεψε μεγάλο μέρος από τα σπίτια του χωριού.
