Τα αρχαία λείψανα της Κνωσού που εκτείνονται διάσπαρτα στην περιοχή της μαρτυρούν τη σπουδαιότητα του χώρου. Τα συγκροτήματα μνημείων που διατηρούνται σήμερα ανάγονται χρονολογικά στη νεοανακτορική περίοδο στην οποία ανήκει το δεύτερο ανάκτορο (1700 - 1450 π.Χ.) και διάφορα άλλα κτηριακά συγκροτήματα . Εκτός των λειψάνων της μινωικής εποχής σώζονται και ορισμένα μνημεία μεταγενέστερων εποχών αλλά και νεκροταφεία διαφόρων περιόδων, τα οποία αποδεικνύουν μια συνεχή κατοίκηση στην περιοχή της Κνωσού. Πρόκειται για ένα σημαντικό αρχαιολογικό χώρο διαμονής. Πέρα από το συγκρότημα του μινωικού ανακτόρου μπορεί σήμερα ο επισκέπτης να δει ιδιωτικές οικίες με πλούσιο εσωτερικό τοιχογραφημένο διάκοσμο, ορισμένα δημόσια κτήρια, αλλά και κάποια θρησκευτικά κέντρα. Από τη ρωμαϊκή εποχή σώζεται ιδιωτική ρωμαϊκή περίστυλη οικία με θαυμάσια ψηφιδωτά δάπεδα.
Ο νεολιθικός οικισμός βρέθηκε κάτω από την κεντρική αυλή του ανακτόρου και σε βάθος 7 μ., γεγονός που οφείλεται σε διαδοχικές εγκαταστάσεις (10 οικοδομικά στρώματα). Ο πρώτος οικισμός είχε ημιμόνιμο χαρακτήρα εγκατάστασης, ενώ σταδιακά αποκτά μόνιμο χαρακτήρα, καθώς τα σπίτια διαθέτουν λίθινη κρηπίδα και ανωδομή από πηλό. Ο οικισμός κατείχε πιθανόν έκταση τόση, όση και το μινωικό ανάκτορο. Ο οικισμός της προανακτορικής εποχής δε διατηρήθηκε σχεδόν καθόλου, καθώς καταστράφηκε στο μεγαλύτερο μέρος του από την κατασκευή του ανακτόρου.
Στην πρώτη περίοδο της Εποχής του Χαλκού με την εμφάνιση και επεξεργασία του μετάλλου του χαλκού παρατηρείται μια σταδιακή εξέλιξη και ανάπτυξη. Η οικονομική και πολιτική εξέλιξη οδηγεί γύρω στο 2000 π.Χ. στην ίδρυση του πρώτου ανακτόρου. Γύρω από την κεντρική αυλή αναπτύσσονται τέσσερις πτέρυγες με τα βασιλικά διαμερίσματα, εργαστήρια, ιερά, αποθήκες, θησαυροφυλάκια, την αίθουσα θρόνου και τις αίθουσες συμποσίων.
Σημαντικά στοιχεία της ραγδαίας ανάπτυξης δίνουν και τα υπόλοιπα κτηριακά συγκροτήματα της εποχής. Το "Μικρό Ανάκτορο" (17ος - 15ος αι. π.X.) βρίσκεται δυτικά του κυρίως ανακτόρου και έχει όλα τα ανακτορικά αρχιτεκτονικά στοιχεία (ξεστή τοιχοδομία, χώρους υποδοχής, περίστυλη αίθουσα, διπλό μέγαρο με πολύθυρα και δεξαμενή καθαρμών-ιερό). Η "Βασιλική Έπαυλη" (14ος αι. π.X.) βρίσκεται βορειοανατολικά του ανακτόρου. Παρουσιάζει έντονο θρησκευτικό χαρακτήρα και ίσως πρόκειται για κατοικία επιφανούς μέλους της αριστοκρατίας ή του ιεραρχείου. Χαρακτηριστικά στοιχεία της έπαυλης είναι τα πολύθυρα, η υπόστυλη κρύπτη με πεσσό και το διπλό κλιμακοστάσιο. Η "Οικία των Τοιχογραφιών" (15ος, 14ος - 12ος αιώνας π.X.) βρίσκεται βορειοδυτικά του Ανακτόρου. Πρόκειται για μικρού μεγέθους οικία αστικού τύπου με πλούσιο εσωτερικό τοιχογραφημένο διάκοσμο. Το "Καραβάν Σεράι" (Ξενώνας) βρίσκεται νότια του ανακτόρου και θεωρήθηκε χώρος υποδοχής και διαμονής επισκεπτών με αίθουσα που περιείχε τοιχογραφίες και λουτρό. Η "Ανεξερεύνητη Οικία" (14ος - 12ος αι. π.X.) βρίσκεται βορειοδυτικά του ανακτόρου και έχει ιδιωτικό-βιοτεχνικό χαρακτήρα. Ο "Βασιλικός Τάφος-Ιερό" βρίσκεται 600 μ. περίπου νότια του ανακτόρου. Φαίνεται ότι εδώ είχε ταφεί κάποιος από τους τελευταίους βασιλιάδες της Kνωσού (17ος - 14ος αι. π.X.). Χαρακτηριστικά αρχιτεκτονικά στοιχεία είναι η είσοδος με αυλή, στοά και ένα μικρό προθάλαμο και υπόστυλη κρύπτη με δύο πεσσούς. Η "Οικία του Αρχιερέα" βρίσκεται 300 μ. νότια του Καραβάν-Σεράι. Εδώ βρέθηκε πέτρινος βωμός με δύο κίονες, τον οποίο πλαισίωναν βάσεις διπλών πελέκεων. Η "Νότια Οικία" (17ος - 15ος αι. π.X.) βρίσκεται νότια του ανακτόρου και πρόκειται για ιδιωτική αστική οικία, τριώροφη με δεξαμενή καθαρμών και υπόστυλη κρύπτη. Από τις μεταγενέστερες εποχές χαρακτηριστικό δείγμα μνημείου αποτελεί η "Έπαυλη του Διονύσου" (2ος αι. μ.X.), ιδιωτική ρωμαϊκή περίστυλη οικία με θαυμάσια ψηφιδωτά δάπεδα του ψηφοθέτου Aπολλιναρίου, που εικονίζουν το Διόνυσο.