Σημαντικό μνημείο της Κνωσού με ιδιαίτερη αρχιτεκτονική μορφή αποτελεί η λεγόμενη Βασιλική έπαυλη, η οποία βρίσκεται στο βορειοανατολικό άκρο του ανακτόρου. Παρουσιάζει έντονο θρησκευτικό χαρακτήρα και ίσως πρόκειται για κατοικία επιφανούς μέλους της αριστοκρατίας ή του ιεραρχείου. Χαρακτηριστικά στοιχεία της Έπαυλης είναι τα πολύθυρα, η υπόστυλη κρύπτη με πεσσό και το διπλό κλιμακοστάσιο. Κατασκευάστηκε σε μια τομή της πλαγιάς του λόφου, ενώ η πρόσοψή της έβλεπε ανατολικά στην κοιλάδα του Καιράτου ποταμού. Σώζεται το ισόγειο και έχει αναστηλωθεί μέρος του πρώτου ορόφου, ενώ υπήρχε και δέυτερος όροφος από πάνω.
Η βασιλική έπαυλη κτίστηκε κατά την Υστερομινωική I περίοδο (14ος αι. π.Χ.) και χωρίζεται από το ανάκτορο της Κνωσού με έναν πλακοστρωμένο δρόμο, ο οποίος ονομάστηκε από τους ανασκαφείς βασιλικός δρόμος. Τόσο η θέση της, όσο και αρκετές αρχιτεκτονικές λεπτομέρειες δείχνουν ότι η βασιλική έπαυλη συνδεόταν οργανικά με το ανάκτορο. Μέσω ενός τοιχισμένου αύλειου χώρου έφτανε ο επισκέπτης στην είσοδο της έπαυλης, η οποία διέθετε τη χαρακτηριστική μορφή των μυκηναϊκών μεγάρων με δύο κίονες μεταξύ των παραστάδων. Από έναν φωταγωγό έμπαινε κανείς στον προθάλαμο και από κει στην κύρια αίθουσα του μινωικού πολύθυρου. Οι τοίχοι είναι επενδυμένοι με πλάκες από γυψόλιθο, όπως και το δάπεδο. Μετά τον πρόδομο ακολουθούσε η κύρια αίθουσα του οικοδομήματος, ορθογώνιας κάτοψης. Ένα πολύ σημαντικό στοιχείο της αίθουσας αυτής, που δε συναντάται σε άλλες επαύλεις, είναι ο λίθινος θρόνος, που βρέθηκε σε μία κόγχη της νότιας πλευράς. Η κόγχη, στην οποία βρέθηκε ο θρόνος, ήταν απομονωμένη με σκαλιά και κίονες και επικοινωνούσε μέσω ενός φωταγωγού με τον επάνω όροφο. Αυτή η αρχιτεκτονική διάταξη με το υποβλητικό σκηνικό δηλώνει ότι ο συγκεκριμένος χώρος προοριζόταν για κάποιες θρησκευτικές τελετουργίες.
Από την κεντρική αίθουσα οδηγείται κανείς σε μία υπόστυλη κρύπτη, στην οποία υπήρχαν αυλάκια και κοιλότητες, κατασκευασμένα προφανώς για να δέχονται υγρές προσφορές. Οι τοίχοι της κρύπτης ήταν κτισμένοι με γυψόλιθο, ενώ το δάπεδό της ήταν στρωμένο με γυψολιθικές πλάκες. Ένα ιδιόμορφο χαρακτηριστικό της βασιλικής έπαυλης είναι το ιδιότυπο κλιμακοστάσιο που χωριζόταν σε δύο πτέρυγες καθώς οδηγούσε στον επάνω όροφο. Το νοτιοανατολικό τμήμα της έπαυλης, στο οποίο βρισκόταν μία πλακοστρωμένη αίθουσα, ένα λουτρό και μία τουαλέτα, φαίνεται ότι είχε ιδιωτικό χαρακτήρα.