Η ιστορία της σειράς εξελίσσεται σε μια χώρα του μακρινού μέλλοντος με το όνομα Αμέστρις. Η εποχή στην οποία διαδραματίζεται η σειρά παρουσιάζει πολλές ομοιότητες με τις αρχές του 20ου αιώνα. Ωστόσο, αν και οι δύο εποχές μοιράζονται κοινά προϊόντα της τεχνολογίας, όπως τα τρένα και τα πυροβόλα όπλα, η επιστήμη στην Αμέστρις έχει μια άλλη μορφή και βάση: την Αλχημεία. Στην ιστορική πραγματικότητα, οι αλχημιστές ήταν επιστήμονες κατά το Μεσαίωνα που μελέτησαν την ύλη, με στόχο να δημιουργήσουν πολύτιμα μέταλλα μετουσιώνοντας άλλα μικρότερης αξίας. Στην Αμέστρις, οι αλχημιστές, κατανοώντας τη φυσική και χημική δομή των πραγμάτων, μπορούν με τη βοήθεια – σχεδόν μαγικών – κύκλων μετουσίωσης, να μετατρέψουν τη μοριακή δομή οποιουδήποτε αντικειμένου σε μία άλλη, αρκεί το νέο αντικείμενο να αποτελείται τελικά από την ίδια ποιότητα και ποσότητα χημικών στοιχείων. Έτσι λοιπόν οι αλχημιστές είναι πρακτικά οι επιστήμονες του κόσμου αυτού, χρησιμοποιώντας την επιστήμη τους για το καλό ή το κακό, όπως άλλωστε συμβαίνει και στον πραγματικό κόσμο.
Ανώτερη πολιτική δύναμη στην Αμέστρις είναι ένας άνθρωπος που ηγείται του στρατού, γνωστός και σαν «Πρόεδρος» ή «Φύρερ». Στην ιεραρχία ακολουθούν όλοι οι αξιωματικοί του στρατού, που κατέχουν τίτλους ανάλογους με αυτούς του πραγματικού κόσμου. Ο στρατός διαθέτει και ένα ειδικό σώμα, τους «Κρατικούς Αλχημιστές», οι οποίοι επιλέγονται ανάμεσα στους καλύτερους αλχημιστές της Αμέστρις. Οι τελευταίοι απολάμβαναν πολλά προνόμια: πλούτο, σεβασμό, κονδύλια για τις έρευνές τους και πρόσβαση σε μεγάλες βιβλιοθήκες δεδομένων. Ωστόσο, σε περιόδους πολέμου ήταν υποχρεωμένοι να ακολουθούν το στρατό και να χρησιμοποιούν την επιστήμη τους ακόμη και για να σκοτώσουν, ανάλογα με τις διαταγές που λάμβαναν. Για αυτό το λόγο ήταν ιδιαίτερα αντιπαθείς στον απλό λαό, που υβριστικά τους αποκαλούσε «τα σκυλιά του στρατού».
Μακριά από όλα αυτά, δύο μικρά αγόρια, ο Έντουαρντ και ο Αλφόνς Έλρικ, μεγάλωναν σε ένα όμορφο χωριό, το Ρίζενμπουλ. Ο πατέρας τους, ένας ιδιαίτερα ταλαντούχος και γνωστός αλχημιστής με το όνομα Χόενχαϊμ, έφυγε από το σπίτι για αδιευκρίνιστους λόγους όταν ο Έντουαρντ και ο Αλφόνς ήταν μικρότεροι. Τα μικρά δεν έδιναν πλέον σημασία, καθώς υπεραγαπούσαν τη μητέρα τους, Τρίσα, και είχαν φίλους στο χωριό, ιδιαίτερα ένα κοριτσάκι με το όνομα Γουίνρι. Ωστόσο, ανακαλύπτοντας τα παλιά σημειωματάρια και βιβλία του πατέρα τους, ξεκίνησαν να ασχολούνται παίζοντας με την αλχημεία και εμφάνισαν ασυνήθιστα καλές επιδόσεις για την ηλικία τους. Η μητέρα τους όμως πεθαίνει ξαφνικά λόγω ασθένειας και τα παιδιά μετακομίζουν με τη Γουίνρι και τη γιαγιά της, μέχρι να βρουν δάσκαλο για να τους διδάξει αλχημεία. Ολοκληρώνοντας ένα κομμάτι της εκπαίδευσης, στην ηλικία των 11 και 10 ετών αντίστοιχα, ο Έντουαρντ και ο Αλφόνς αποφασίζουν να επιχειρήσουν το μεγαλύτερο ταμπού της αλχημείας: να φέρουν πίσω στη ζωή τη μητέρα τους.
Το πείραμα πηγαίνει ιδιαίτερα άσχημα. Ο Έντουαρντ χάνει το αριστερό του πόδι, ενώ ο Αλφόνς αρχίζει να εξαφανίζεται εντελώς. Σε μια απελπισμένη προσπάθεια να τον σώσει, ο Έντουαρντ θυσιάζει και το δεξί του χέρι, ώστε να δέσει την ψυχή του Αλφόνς σε μια παλιά πανοπλία που είχαν στο υπόγειο. Ένας «Κρατικός Αλχημιστής» με το όνομα Ρόι Μάστανγκ, έμαθε για το γεγονός όταν στάλθηκε στο Ρίζενμπουλ. Αναγνωρίζοντας το ταλέντο των παιδιών και κυρίως του Έντουαρντ, τους καλεί να τον βρουν στο αρχηγείο του στρατού και να γίνουν μέλη του σώματος, υπό τις διαταγές του. Μετά το ατύχημά τους, στόχος του κάθε αδελφού ήταν να αποκαταστήσει το σώμα του άλλου. Ο Έντουαρντ, εξοπλισμένος πλέον με δύο εξελιγμένα μηχανικά προσθετικά μέλη από ατσάλι (Auto-Mail), γίνεται τελικά το νεότερο στα χρονικά μέλος του σώματος των Κρατικών Αλχημιστών και μαζί με τον αδελφό του τίθεται στην αναζήτηση ενός τρόπου να αποκτήσουν μια μυθική πέτρα, γνωστή σαν «Φιλοσοφική λίθος», η οποία ίσως τους επιτρέψει να ανακτήσουν αυτό που έχασαν. Σύντομα όμως αντιλαμβάνονται πως δεν είναι οι μόνοι που την ψάχνουν και είναι διατεθειμένοι να κάνουν τα πάντα για να την αποκτήσουν.
https://el.wikipedia.org/wiki/Fullmetal_Alchemist