Το ιστορικό κτήριο που αποτελεί τη στέγη του, θεμελιώθηκε το 1885 και ολοκληρώθηκε το 1889.

Κτίστηκε με δωρεά του Κωνσταντίνου Ξενοκράτη, μεγάλου εθνικού ευεργέτη από την Ανατολική Θράκη, ως Δημοτικό Παρθεναγωγείο και λειτούργησε μέχρι πρόσφατα ως Σχολείο.

Οι αρχαιολογικές συλλογές του μουσείου περιλαμβάνουν περισσότερα από 1200 αντικείμενα από όλη την Αιτωλ/νία , τα οποία αφορούν σε ευρήματα παλαιών, αλλά κυρίως πρόσφατων ανασκαφών.